Na Fakultě aplikovaných věd ZČU je v současné době zřízeno šest oborových sekcí, v nichž se uskutečňují vědecko-výzkumné, studijní a výchovné aktivity fakulty v daných vědních disciplínách. Každá ze sekcí je tvořena oborovou katedrou a partnerským oddělením (výzkumným programem) fakultního pracoviště výzkumu a vývoje NTIS – Nové technologie pro informační společnost.

Hlavním cílem každé oborové sekce je péče o odbornou úroveň konkrétní vědní disciplíny, o kvalitu vzdělávací a výzkumné a vývojové a další tvůrčí činnosti a o koordinaci aktivit zejména ve vztahu k partnerským vzdělávacím institucím, institucím výzkumu a vývoje nebo ostatním fakultám ZČU.